В 1548-1573 гг. Конюшенный приказ именуется Конюшенной избой, но вопросы его деятельности почти не меняются по мере изменения названия и уточнения статуса конюшенного ведомства. 

Точных сведений о количестве дьяков и подьячих Конюшенного приказа нет, но известно, что штат Конюшенного приказа был не прикомандированным, как во временных и мелких приказах, а постоянным. Известны также случаи пожалования в дьяки из стремянных конюхов. 

Конюшенный приказ создавался для управления царской конюшней и дворцовыми экипажами.

 К компетенции Конюшенного приказа во все периоды его существования относились вопросы строительства конюшен, приобретения, изготовления и ремонта конского снаряжения и выбор имений для содержания царских табунов. 

В XVI в. утверждается практика пожалования разным лицам (в т.ч. сановитым иностранцам и послам) из царского конюшенного хозяйства. Предложения по таким царским пожалованиям и их регистрацией занимается Конюшенный приказ.

 В отдельное делопроизводство Конюшенного приказа выделяются вопросы выдачи жалования конюхам, ковалям и каретникам.

 Конюшенный приказ управляет конскими слободами – в Дмитрове и в Москве (Большие и Малые Лужники, Большая Конюшенная, Овчинная, Сыромятная). Среди главных вопросов слободского строения – взимание оброчных и мостовых и иных платежей тяглецов конюшенных слобод. В дополнение к конским слободам в ведение и в кормление Конюшенному приказу переходят к концу XVI в. доходные (торговые) бани в Москве и в других городах и записные пошлины в разных частях страны.

 Постепенно конюшенным дьякам дополнительно поручается надзор за конской торговлей, осуществлявшейся в Москве на специальной конной площадке [РГАДА. Включение в ф. 137. 7 ед. хр., 1610-1636]. К этим вопросам добавляются дела, связанные с отдачей на оброк и на откуп городских конских площадок. 

В XVIII в. дела Конюшенного приказа распределяются между несколькими новыми ведомствами: Ингерманландской канцелярией (до 1705 г.) и (позднее) – Дворцовой конюшенной и Обер-егермейстерской канцеляриями Кабинета Ея Императорского Величества. 

В 1731 г. Конюшенный приказ переименован в Конюшенную канцелярию, в 1732 г. все функции Конюшенного приказа передаются Придворной конюшенной конторе, кроме финансовых и фискальных дел, которые ещё с 1710 г. находятся в компетенции Оружейной палаты.