Беляевский Летописец:

«О святейшем Никоне патриархе.
…по дару Духа святаго и повелению великого государя, посвяти его ростовский архиерей патриархом. И бысть (был) архипастырь бодрый, по святей Божией церкви крепкий поборатель. Пас церковь Божию 6 лет, и имя его славно бе.

Таже (и) приидоша на него многая озлобления, и бысть в заточении в Кирилове монастыре до царства в. г. ц. и в. кн. Феодора Алексеевича, иже (который) движим Духом святым, посла свои царския колесницы и повеле его из заточения с честью взяти.

И не дошед до царствующего града Москвы, во граде Ярославле на реке Которосли изнеможе, и причастися святых Божиих тайн, ту (тут) на реце (реке) и преставися в лето 7189 (1681). Тело же его привезоша в новосозданный им Воскресенской монастырь.

Головщиков, Константин Дмитриевич. История города Ярославля. – Ярославль, 1889

«Царь Федор, крестный сын Никона, осужденного собором патриархов на заточение, решился в 1681 году возвратить своего крестного отца в Новый Иерусалим. Изнуренный страданиями, Никон находился тогда в Кирилло-Белозерском монастыре. В тот самый день, когда должно было прийти разрешение царя на выезд Никона, по тайному предчувствию он собрался в путь. С трудом посадили затем его — старца уже изнемогшего — в сани и в них довезли до струга на Шексне, по которой он и спустился в Волгу. Под Ярославлем, у Толгского монастыря, Никон приказал остановиться. … Здесь патриарх приобщился запасными дарами, и струг поплыл к Ярославлю. Проплыв по Волге мимо города, струг вошел в Которосль, и здесь, на правом берегу ее, 17 августа во время благовеста к вечерне Никон скончался. В ожидание царских повелений тело усопшего перенесено было в Спасский монастырь, где и стояло до прибытия из Москвы траурной колесницы. Погребен он в созданном им монастыре, называемом Новым Иерусалимом, а царь Федор испросил потом усопшему разрешительные грамоты от четырех вселенских патриархов, которые и приняли его единодушно в сонм первосвятителей».


С.М.Соловьев. История России с древнейших времен. Том 13. Глава 2. Царствование Федора Алексеевича

По ее указанию государь начал ездить в недостроенный Воскресенский монастырь (Новый Иерусалим), пленился местоположением, величественным, затейливым планом и не щадил издержек для довершения построек. Естественно, что в местах, где все напоминало Никона, а напоминало только с хорошей стороны, царь не мог забыть о нем. Он предложил патриарху перевести Никона в Воскресенский монастырь, но встретил в Иоакиме сильное сопротивление. Иоаким, очень ревнивый к своей власти и вследствие этой ревности имевший врагов, не мог допустить в соседство к Москве, к царю человека, продолжавшего называть себя патриархом, способного иногда смиряться при ударе, но сейчас же готового поднять голову, как только гроза миновала. Нельзя не вспомнить о слухах, ходивших между современниками, перешедших и к потомкам, которые не считали их вздорными. Есть известие, что Симеон Полоцкий, не уживавшийся с Иоакимом, хотел употребить Никона орудием для его удаления и уговаривал своего царственного ученика установить в России четырех патриархов на местах четырех митрополитов, в Новгороде, Казани, Ростове и Крутицах, послать Иоакима патриархом в Новгород, а Никона возвратить в Москву и назвать папою. Каких слухов не распространяли тогда и каким слухам не верили! Но и без подобных слухов Иоаким имел сильные причины не желать возвращения Никона в Воскресенский монастырь, а отказ дать свое согласие на это мог быть выражен очень благовидным образом: "Свержен он не нами, а великим собором и вселенскими патриархами: мы не можем возвратить его без их ведома; впрочем, государь, буди твоя воля", - говорил Иоаким царю. Созван был собор для решения этого дела, но собор ничего не решил; председатель собора был против, да и между другими отцами не легко было найти приверженцев Никона. Царю осталось утешить заточника собственноручным письмом.
Между тем Никон стал изнемогать. Кирилловский архимандрит известил патриарха, что заточник при смерти, принял схиму, освящен елеем; архимандрит испрашивал особых распоряжений насчет похорон: где положить, как поминать? Иоаким велел похоронить как простого монаха. Но Никон и на смертном одре не считал себя простым монахом, не думал отказываться от патриаршества. В последнем письме своем к братии Воскресенского монастыря он называет себя патриархом; в этом письме Никон уведомляет о своей тяжкой болезни, приковавшей его к постели: "А милость великого государя была, что хотел меня из бедности взять, по вашему челобитью, и писал жаловал своею рукою, а ныне то время совершилось, а его милостивого указу нет, умереть мне будет внезапу. Пожалуйте, чада моя, не попомните моей грубости: побейте челом еще о мне великому государю, не дайте мне напрасною смертию погинуть, моего житья конец приходит". Воскресенские монахи подали это письмо государю; он показал его патриарху, другим архиереям, умоляя их согласиться на переведение умирающего. Наконец согласились. Никона взяли из Кириллова монастыря, с большим трудом довезли до реки Шексны, где посадили на струг и повезли Шексною, а потом Волгою к Ярославлю. Когда доплыли до Толгского монастыря, Никон, чувствуя крайнее изнеможение, велел пристать к берегу и приобщился. После этого струг был введен из Волги в реку Которость: здесь Никон умер 17 августа 1681 года, 75 лет от рождения. Тело привезли в Воскресенский монастырь, где похоронили с большим торжеством, в присутствии царя.